En niños lo más frecuente es que, al consumir gluten, aparezca un retraso del crecimiento, coincidiendo con diarreas, debilidad general y pérdida del apetito. El niño celíaco suele recuperarse al cabo de unas semanas de hacer dieta sin gluten. Si no sigue la dieta, pueden aparecer anemia, retraso de la pubertad, vómitos frecuentes, hemorragias no justificadas.
En adultos las diarreas suelen ser más leves, pero la anemia por falta de la absorción de hierro y folatos es muy frecuente, acompañada de cansancio habitual y, en mujeres, esterilidad o abortos. Son frecuentes también la distensión abdominal, flatulencias e intolerancia a las lactosa.
Hay una enfermedad de la piel muy relacionada con la celiaquía y cuyo tratamiento es también la exclusión del gluten de la dieta, llamada «dermatitis herpetiforme».
